3D-модели химических соединений

← →
ЙЦУКЕН (2005-08-08 14:40) [0]

Здравствуйте уважаемые мастера! Возникла следующая проблема: нужно чтобы в проге отображались 3D-формулы химических соединений. Я не представляю себе каким образом можно это сделать :( Требуется программка для создания таких моделей(желательно максимально упростить их создание, например вводишь формулу и прога автоматически строит ее модель) и требуется дельфи-код для отображения их в проге(отображение и вращение модели с помощью клавы/мыши). Вот можите-ли вы посоветовать какие-нибудь программы для решения этой проблемы? Желательно чтобы все можно было скачать из инета.
Благодарствую...

← →
Jeer © (2005-08-08 14:48) [1]

Уважаемый QWERTY !

Могу предложить обмен.
Я, не сходя с места и не затрачивая усилий, должен иметь возможность получать "зелень" в интересующих меня количествах.
Вам же, предложу способ решения вашей задачи и дельфи-код.

← →
begin...end © (2005-08-08 14:49) [2]

> ЙЦУКЕН (08.08.05 14:40)

> желательно максимально упростить их создание, например
> вводишь формулу и прога автоматически строит ее модель

LOL.

← →
ЙЦУКЕН (2005-08-08 14:51) [3]

> Jeer © (08.08.05 14:48) [1]

давай подробнее... может мыло скажешь?

← →
Agent13 © (2005-08-08 14:55) [4]

> желательно максимально упростить их создание, например вводишь
> формулу и прога автоматически строит ее модель

Легко. Реализуешь поиск оптимальной конформации по алгоритму "Molecular Mechanics", "Molecular Dynamics" и т.п. и всего делов-то.

← →
vrem (2005-08-08 15:04) [5]

Вчера по ртр показывали сумасшедший профессор 2
я чуть тоже не захотел :)

← →
begin...end © (2005-08-08 15:06) [6]

Оказывается, никаких спектров не нужно -- ни инфракрасных, ни видимых, ни ЯМР. Нужна только программа. Вводишь формулу -- и получаешь структуру. Клёво.

← →
TUser © (2005-08-08 15:11) [7]

Это вы все - лол. Про молдинамику в вопросе ничего сказано не было. А отображение и вращение сделать легко. Надо искать в гугле программу MDLChime и использовать ее через COM. Или RasMol скачать, могу даже поделиться исходниками для управления этим самым расмолом. Формула соединения вводится в формате PDB, т.е. для каждого атома - 3 его координаты. В обеих программах есть языки для управления изображением.

← →
begin...end © (2005-08-08 15:17) [8]

> TUser © (08.08.05 15:11) [7]

> Про молдинамику в вопросе ничего сказано не было.

Естественно, не было. Потому что при таком подходе про молдинамику ничего нельзя было сказать. Ввиду незнания о её существовании.

Зато в вопросе было чётко сказано: "Требуется программка для создания таких моделей(желательно максимально упростить их создание, например вводишь формулу и прога автоматически строит ее модель)".

Вот поэтому-то и LOL.

← →
ЙЦУКЕН (2005-08-08 15:18) [9]

> begin...end © (08.08.05 15:17) [8]

Заметь, "например"...

← →
begin...end © (2005-08-08 15:20) [10]

> ЙЦУКЕН (08.08.05 15:18) [9]

Заметил. И заметил, что Вы требуете не только отобразить, но и создать модель.

← →
ЙЦУКЕН (2005-08-08 15:25) [11]

> begin...end © (08.08.05 15:20) [10]

Ну почему же требую? Я только спрашиваю! Тогда знаешь какую-нибудь инфу про молдинамику?

← →
begin...end © (2005-08-08 15:32) [12]

> ЙЦУКЕН (08.08.05 15:25) [11]

> Ну почему же требую?

Потому что в [0] так и написано: "Требуется программка".

> Тогда знаешь какую-нибудь инфу про молдинамику?

Знаю. Но скажу лишь, что создание модели произвольной молекулы по её брутто-формуле (т.е. НЕ по структурной формуле) -- задача НЕРЕШАЕМАЯ.

Если же структура молекулы известна, а речь идёт только о том, чтобы эту структуру нарисовать, то задача существенно упрощается. Возможно, поможет [7].

← →
TUser © (2005-08-08 15:33) [13]

> Тогда знаешь какую-нибудь инфу про молдинамику?

Самостоятельно я бы молдинамику программировать не стал. Вот энергетическую оптимизацию - можно. Для отображения готовой модели используй MDLChime.

← →
noname_ (2005-08-08 15:55) [14]

http://hugin.ethz.ch/wuthrich/software/molmol/index.html

← →
noname_ (2005-08-08 16:02) [15]

еще немного
http://www.avatar.se/molscript/
http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/

← →
ЙЦУКЕН (2005-08-08 16:21) [16]

> noname_

пасибо... буду изучать...

← →
noname_ (2005-08-08 16:33) [17]

простая программа отображения молекул из файлов pdb
http://fresh.t-systems-sfr.com/cgi-bin/warex?unix/src/misc/xscreensaver-4.22.tar.gz:a/xscreensaver-4.22/hacks/glx/molecu le.c
правда на С, и не для Windows 8-(

там же несколько файлов молекул
http://fresh.t-systems-sfr.com/cgi-bin/warex?unix/src/misc/xscreensaver-4.22.tar.gz:a/xscreensaver-4.22/hacks/images/mol ecules/dna.pdb
http://fresh.t-systems-sfr.com/cgi-bin/warex?unix/src/misc/xscreensaver-4.22.tar.gz:a/xscreensaver-4.22/hacks/images/mol ecules/dynamite.pdb
http://fresh.t-systems-sfr.com/cgi-bin/warex?unix/src/misc/xscreensaver-4.22.tar.gz:a/xscreensaver-4.22/hacks/images/mol ecules/cocaine.pdb
8-)

www.rcsb.org/pdb
www.rasmol.org

Я бы считал, что это - основные ссылки.

Если вопрос действительно актуальный и серьезный - могу связать с человеком, который такой софт разрабатывает (http://www.zmmsoft.com).

Есть еще Gromacs. Мощный пакет для м.д. и оптимизации.
http://www.gromacs.org/

3D-модели химических соединений Найти похожие ветки